“人类肿瘤网络图谱”正在构建

仙仙

据《细胞》杂志近日发表的一篇观点文章，美国博德研究所与多个实验室以及“人类肿瘤网络图谱”联盟（HTAN）合作，从时间—空间维度全面地对单细胞分辨率上肿瘤发展过程进行阐述和总结，建立“人类肿瘤网络图谱”，从而为各类型肿瘤生成信息丰富的三维图谱数据集。


癌症中的关键转变过程——包括肿瘤的发生、扩展、转移和治疗耐药性，都涉及到动态肿瘤系统中细胞间的复杂相互作用。单细胞基因组技术的快速发展，为这一人类从未能充分了解的复杂相互作用，提供了前所未有的研究机会。


在此原理上，“人类肿瘤网络图谱”计划出现。这是美国国家癌症研究所（NCI）癌症“登月计划”的一部分，该项目力图建立一个临床、实验、计算和组织框架，集成一份巨大的三维图谱数据集，不但可以使人类对癌症的理解更为深远，还有可能提高癌症的筛查发现、预防和治疗能力，为癌症患者和身担癌症风险的人提供更精确有效的治疗。


此次，包括美国博德研究所“人类细胞图谱研究先锋”阿维芙·蕾格夫，以及多家实验机构、联盟的科学家们，阐述了动态的、多参数的三维肿瘤图谱，公开了其概念、应用、理论研究以及实验策略，同时还将对“人类肿瘤图谱网络”的组织结构、相关补充计划和合作单位以及合作机会进行介绍，面向公众全面展开“人类肿瘤图谱网络”的构建。


这一图谱的建立工作，涵盖了肿瘤样本收集、细胞空间分析工具开发、数据分析、图谱可视化和查询等各个方面。为确保广泛性，需要从不同种族的人群中获得高质量的样本；而多数据集成、深度学习等技术，将会持续应用到对于图谱网络的建立之中。


研究人员表示，第一代“人类肿瘤图谱网络”可能包括交互式2D和可视化3D，并将关键的分子和细胞特征与临床数据元素和患者预后联系起来；而二代肿瘤图谱会从多参数数据集中获得更多信息，以更全面描述特定肿瘤的遗传、分子、超微结构、细胞和组织学特征等多维度信息，对使用者来说，其可以像“谷歌地图”一样易于查找和使用。