海洋试点国家实验室开放共享多个抗新型冠状病毒药物筛选虚拟模型

仙仙

当前，正值防控新型冠状病毒疫情的关键时期，寻找靶点药物是科研攻关的重要工作之一。海洋试点国家实验室及时启动应急研发任务，利用实验室学科、平台、团队、机制优势，组织科研人员，主动出击，针对多个重要抗病毒靶点开展了药物虚拟筛选，力争为疫情防控贡献力量。
基于前期已经建立的国际上首个海洋天然产物三维结构数据库、科研人员群策群力，从中国海洋大学、北京大学、上海交通大学、中山大学、浙江大学、中科院南海所、中科院微生物所和青岛海洋生物医药研究院等多家高校和科研院所收集可获得实体化合物的天然产物分子结构信息74.382个。拟利用“智能超算与生物实测耦合的全链条创新药物研发体系”，对这些天然产物分子、已上市药物和中药有效成分，进行分子对接、分子动力学模拟等药物虚拟筛选。
为了充分利用全国各地科学家们贡献的海洋天然产物信息，在广泛征求宾夕法尼亚大学、复旦大学、华中农业大学等多家单位冠状病毒专家建议基础上，通过生物信息学分析研究病毒基因的保守性，利用知识图谱技术收集类似蛋白结构信息，确立了7个药物筛选靶点，分别是：病毒配体Spike蛋白、病毒受体ACE2蛋白、病毒蛋白酶PLpro（papain-like protease）和Mpro (3C-like protease，或main protease)、介导病毒RNA帽子的甲基化修饰的nsp16、与病毒转录复制相关的RdRp（RNA-dependent RNA polymerase）和潜在的病毒用于干扰宿主免疫的X domain蛋白。通过同源模建、分子动力学模拟等手段，构建了可直接用于虚拟药物筛选的靶点口袋。
为了加速对抗新冠病毒的药物筛选进程，海洋试点国家实验室将这些靶点模型向社会开放共享，供广大科学家和企事业单位用于非盈利性目的的药物筛选工作。使用者可在http://ncovtarget.qnlm.ac简单注册后，下载使用。后续靶点模型更新，还将适时在该网站公布。